A partir de los comienzos de la época agrícola es cuando se pueden vislumbrar algunos aspectos de la historia de Andoain, aunque las primeras señales humanas nos llevan a la prehistoria. De la Edad de Bronce sólo contamos con el dolmen de Belkoain, en cambio, de la Edad de Hierro podemos hablar del cromlech de Eteneta II y de la ciudad amurallada de Buruntza (s. V-IV a.c.).
Antiguamente existían dos poblaciones: Leizaur, situada en la confluencia de los ríos Oria y Leizarán, y Andoain, nombre que prevalecerá desde el siglo XIV, localizada en las faldas del Buruntza.
De los siglos XII, XIII y XIV datan las casas torres, residencia y propiedad de ciertas familias que, aparte de la explotación agrícola y ganadera, ejercían el oficio de defender el territorio contra posibles incursiones de enemigos. Situadas en posición estratégica, Andoain contaba con las casas torres de Izturitzaga, Leizaur, hoy conocida por Jauregi, Berrozpe, Bazkardo y Sagarmendi.
Hasta febrero de 1615 la localidad se mantuvo anexionada a Tolosa o San Sebastián. Es en este año cuando logra constituirse en villa con la jurisdicción civil y criminal que concede el rey don Felipe III, previo pago de 80.950 reales.
El siglo XVIII supondrá un cambio considerable ya que el municipio se unifica geográficamente y el centro vital de la vida andoaindarra pasa desde las faldas del monte Buruntza al lugar que hoy en día ocupan la iglesia parroquial y el ayuntamiento.
Ya en pleno siglo XIX Andoain quedará vinculado a uno de los nervios impulsores de la economía guipuzcoana al surgir, además de nuevas industrias, el tren Irún-Madrid, línea inaugurada en 1864.
A partir de mediados del siglo pasado comienza a registrarse una fuerte evolución de la población. Este importante crecimiento está directamente relacionado con la instalación de la Algodonera que crea nuevos puestos de trabajo y provoca la llegada de trabajadores de otras poblaciones vecinas. Esta marcha ascendente se detiene en los primeros diez años del siglo por la tendencia de la época de emigrar a América.
En el decenio 1940-50 comienza un crecimiento acelerado y la llegada de la inmigración de otras provincias. El salto más espectacular se registrará en la década de los años 60, concretamente en 1964, año en el que Andoain contaba con 8.371 vecinos. El ritmo de crecimiento tendrá su punto de inflexión en 1977. Posteriormente, a partir del año 84, y a pesar de que se registran algunos aumentos, la tasa de crecimiento irá descendiendo paulatinamente hasta situarse en la cifra actual de habitantes.
Durante años Andoain, al igual que otros municipios, ha utilizado diferentes escudos. Pero el Ayuntamiento ha considerado que ya es hora de fijar el símbolo que identificaremos con nuestro municipio, que en lo sucesivo la bandera y el escudo de Andoain sean siempre el mismo. Tras realizar un estudio de los escudos utilizados hasta la fecha, se ha decidido fijar el primitivo como el que en adelante será el escudo de la localidad, prescindiendo de los elementos que se le han ido añadiendo con los años.